入职、在职和离职是员工在用人单位的三个阶段，这三个阶段也正是员工手册的内在逻辑顺序。这三个阶段各个特殊性，反映在员工手册上就是需要重点关注的问题。
第一阶段：入职阶段。
这一阶段包括招聘、面试、入职
通知、办理入职手续、签订劳动合同、办理人事档案关系和社会保险转移、试用期及其考核等重点环节。
这一阶段的特殊性在于员工手册从新员工入职就发挥作用，甚至在员工入职之前就已然发挥作用。比如，招聘、录用的条件、程序，就先与员工入职启动。通过招聘、录用程序，对符合企业的用人标准，有机会进入企业的，企业才为其办理正式入职手续，应聘者才成为用人单位的员工。
第二阶段：在职阶段。
与入职和离职阶段比较，在职阶段是劳动关系中最为稳定的阶段，也是劳动关系的常态，属于员工手册的重点内容。这一阶段主要涉及工资福利、礼仪规范、考勤
管理、加班
管理、
培训晋升、激励机制、工作纪律以及奖惩措施等等。
员工永远是用人单位
生产力的直接创造者，现代化的
生产经营也是人财物的结合，对于用人单位，相对稳定的员工是发展的基础，因此，对于在职员工的管理，核心的在于提高员工的工作效率，与工作效率密切联系的工作纪律、工作能力，围绕这些企业需要建立一整套制度。用制度管人，用制度管事，是现代组织机构管理的共识。
第三阶段：离职阶段。
这一阶段主要涉及对离职原因的认定、工作交接、竞业限制协议、经济补偿的支付、离职手续的办理以及档案和社会保险的转移。离职与入职正好相反，但员工离职的原因可能是正常的，也可能是非正常的，所以离职阶段是最复杂的阶段，也是争议最多的阶段。且，前两个阶段中存在的争议往往会在离职时一并提出。
用人单位往往将员工手册作为劳动合同的附件，意味着员工承认用人单位的规章制度并愿意受其约束，以此强化员工手册的法律效力。对于员工入职之前已经存在的员工手册，通过约定为劳动合同附件的方式确定其效力问题。但员工手册不可能一成不变，在员工的合同期内，员工手册面临修订和完善。修订完善之后的规章制度能否发挥法律效力就涉及到一个新的法律问题。
从法律规定我们可以看出，员工手册修订和完善，特别是涉及员工切实利益的内容并不当然发生法律效力。只有经过民主程序制定，并向员工进行公示和告知才能对员工发生法律效力。用人单位通过合法的程序，解决员工手册的修订完善问题，使员工手册适应变化的客观情况，不断延续它的生命力。
